任何一種經營模式都有優點，也會存在缺點，這需要我們考慮清楚企業想要什么，不能因噎廢食，而要積極尋找解決問題的對策。
世界上沒有完美的經營模式，沒有任何模式是完美無缺的，哪種模式都有自己存在的缺陷？揚長避短本就是管理者的任務。
企業是個矛盾體，在企業的經營管理中，存在著無數的矛盾，如：整體性與活力、長期績效與短期績效、統一性與多樣性、精神文明與物質利益、公平與效率、程序性與靈活性、獨裁與民主等等，這些矛盾經常無法協調、互為代價，管理者必須在矛盾中做出選擇，當做出一種選擇時，需要采取另一種手段來對沖，或者在后面采取措施彌補選擇的缺陷。
任正非曾經用生動的比喻來描述管理者處理這種矛盾時需要采取的做法：就是搗糨糊，面多了加水，水多了加面……
1.阿米巴最大的弊端是內部交易。因為一旦內部交易處理不好，它可能會引起員工的自私自利。
2.阿米巴經營要精細化進行管理，所以它對于整個軟件的要求，信息化的要求在后期會越來越高。
3.阿米巴經營對于人員的意識的要求和理念的要求相對比較高。
阿米巴真正的弊端體現在以上三個方面，但最終歸結起來就是在“術”的弊端。
阿米巴經營模式的最大的好處是激發基層活力，缺陷是破壞企業的整體性，弱化企業內的協同。
內部交易會引起每個部門的紛爭，需要通過把理念和機制結合起來解決。在理念上采取利他的模式，不是為了一己私利，有時候要犧牲小我來成就大我。這要從機制上得到保障，讓愛做雷鋒的人不吃虧。
所以在后續需要對獎勵機制、評價機制，以及人力資源的管理機制進行全面的設計，導向首先是集體利益，然后是個人利益。
阿米巴是把個人放到組織當中點燃，所以它不是一個簡單的獨立核算，而是數字經營法。通過數字來激勵每一個員工，使組織的利益最大化，先考慮組織，然后再來考慮個人。
來源：道成咨詢
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